生物信息學與生物計算：http://bioinformatics.weizmann.ac.il/

這是生物信息學和生物計算學的網站，由Weizmann科學研究所，生物服務部和Crown人類基因組學中心支持。研究領域主要涵蓋序列分析，蛋白質組學和基因組學等。該網站提供了數據庫，電子論壇，教育，新聞，軟件，招聘啟事等。該網站還提供了相關鏈接，包括歐洲分子生物學以色列國家網點，以色列國家基因組基礎設施實驗室以及國際生物信息學合作中心。

生物信息學專題：http://www.biosino.org/bioinformatics/bioinfo.htm

中國科學院上海生命科學研究院生物信息中心的網站中的生物信息學專題提供與生物信息學有關的新聞信息，生物信息學文獻的介紹（包括的課題例如：鑒別腫瘤的亞型，細菌中的基因轉移，生物鐘與微陣列--哺乳動物的基因組有節(jié)奏，混亂的DNA區(qū)分人類與黑猩猩等等），相關軟件下載，與數據庫的鏈接。

生物信息學專業(yè)網：http://bioinf.bmi.ac.cn/

生物信息學專業(yè)網旨在收集、整理與生物信息學相關的信息和資源。它的站點提供最近新聞；與生物科學相關的論文；與生物信息學相關的數據庫，軟件，公司，大學和期刊；工具的介紹，例如：序列逆向查詢系統(tǒng)。

生物信息學組織：http://bioinformatics.org/

生物信息學組織是生物信息學學科的綜合性網站。其涉及的內容有新聞、事件提醒、會議消息、免費FTP工具下載、論文、URL推薦、演示幻燈片等。此外，其還擁有有關生物信息學研究組和軟件的搜索引擎。

香港生物信息學中心：http://www.hkbic.bch.cuhk.edu.hk/

這是香港生物信息學中心(HKBIC)的網站。香港生物信息學中心是由香港技術創(chuàng)新委員會和香港中文大學創(chuàng)辦，為香港生物技術與工業(yè)界提供中心數據資源。它為使用者提供計算設備，技術專家意見和分子生物學定向數據庫等。主要致力于核苷酸、醫(yī)學、藥物設計、毒理學、生物技術、化學工程、制藥技術等方面的研究。該網站還提供了研究、工具、新聞等方面的。

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耶魯大學蓋斯坦生物信息學實驗室：http://bioinfo.mbb.yale.edu/

這是耶魯大學蓋斯坦生物信息學實驗室的網站。耶魯大學蓋斯坦生物信息學實驗室主要致力于生物信息學的研究，其研究領域包括基因組序列，大分子結構和表達基因數據，比較基因組學，基因表達分析，大分子幾何學等。該網站還提供研究、工作、演講、論文等方面的信息。

用于比較基因組學的生物信息學工具：http://pga.lbl.gov/Workshop/webTools.html

用于比較基因組學的生物信息學工具是勞倫斯伯克利國家實驗室提供的用于比較基因組學的生物信息學的軟件、數據庫和網址資源。其涵蓋五個大類分別是：基因組數據、注釋、比較基因組、陣列資源、雜集。并且，對每個類別其都有類型、名稱和描述、幫助及信息等方面的說明。

中國生物信息學資源導航：http://www.biosino.org/pages/source-bioinfo.htm

這是中國生物信息學資源導航的網站。該網站主要提供與生物信息學相關的學會、組織和生物計算中心的鏈接，也包含對網關及網絡資源的鏈接。

NCBI生物信息學研究工具：http://www.ncbi.nih.gov/Tools/

NCBI生物信息學研究工具網站由美國國家生物技術信息中心支持。該網站提供了許多程序的鏈接，內容包括數據挖掘、核酸和蛋白質組分析等。同時，網站還提供了許多相關鏈接和資源。

歐洲生物信息學研究所：http://www.ebi.ac.uk/

歐洲生物信息學研究所是一個非盈利學術機構，是歐洲分子生物學實驗室的一部分。它是生物信息學研究和服務的中心。它所管理生物數據的數據庫包括核酸，蛋白質序列和大分子結構。它的使命是保證從分子生物學和基因組研究的日益增長的信息向公眾公開，并且對科學研究團體提供任何方面的免費使用，以促進科學發(fā)展。

歐洲生物信息學研究所Ensembl基因組瀏覽器：http://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html

歐洲生物信息學研究所Thornton研究組：http://www.ebi.ac.uk/Thornton/index.html

歐洲生物信息學研究所多序列聯配數據庫: http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.html

歐洲生物信息學研究所工具箱:http://www.ebi.ac.uk/Tools/

歐洲生物信息學研究所核酸數據庫:http://www.ebi.ac.uk/Databases/nucleotide.html

歐洲生物信息學研究所計算基因組研究組:http://www.ebi.ac.uk/research/CGG/index.html

歐洲生物信息學研究所完整基因組數據庫:http://www.ebi.ac.uk/genomes/

歐洲生物信息學研究所序列數據庫研究組:http://www.ebi.ac.uk/seqdb/index.html

Brutlag生物信息學研究組：http://motif.stanford.edu/

Brutlag生物信息學研究組是斯坦福大學的一個研究團體，主要研究從蛋白質一級結構預測蛋白質結構和功能，其開發(fā)了EMOTIF、EMATRIX和3MOTIF軟件應用于非鑒定的基因組序列的功能確定，另外還開發(fā)了LOCK和3DSEARCH軟件用于比較蛋白質結構和蛋白質結構數據庫的搜索。

生物GBF信息學小組主頁：http://transfac.gbf.de/

生物信息學小組主頁是德國生物技術研究中心的生物信息組的主頁。其提供的資源十分豐富，包括出版物、研究計劃、研究組介紹、五個重要數據庫、十二個工具軟件和資源鏈接等。

Pune大學生物信息學中心：http://bioinfo.ernet.in/

Pune大學生物信息學中心成立于1987年，是生物技術系統(tǒng)的九大中心之一。提供生物工程領域的信息,側重病毒學,蛋白質和核酸序列與結構。其提供的資源豐富，包括數據庫、微生物菌株數據網絡系統(tǒng)、生物信息學中心圖書館、Alpha服務器的軟件包、生物信息學的有用網址、EBI和PDB的數據庫鏡像等。

北京大學生物信息學中心：http://www.cbi.pku.edu.cn/

北京大學生物信息中心（CBI）成立于1997年，是歐洲分子生物學網絡組織EMBnet的中國國家接點。幾年來，已經與多個國家的生物信息中心建立了合作關系。目前是國內數據庫種類最多，數據量最大的生物信息站點。在基因預測、基因組、蛋白質結構等領域都有相應的研究項目。

加拿大生物信息學資源：http://cbr-rbc.nrc-cnrc.gc.ca/index_e.php

這是加拿大生物信息學資源(CBR)的網站。該網站由加拿大國家研究委員會(NRC)創(chuàng)建，旨在為國家研究委員會與其它政府、學術部門的科學家提供廣泛使用的生物信息學工具和共享數據。加拿大生物信息學資源部分由一個專門使用該資源的委員會管理，而且其資源在用于教育和非盈利研究時只需注冊均可免費作用。網站還提供有關新聞、服務與下載等信息。

結構生物信息學公司：http://www.strubix.com/

結構生物信息學公司是世界上占領導地位的、蛋白質組學推動的藥物發(fā)現的公司，他們大規(guī)模地產生和使用蛋白質結構信息，以期加速發(fā)現和優(yōu)化過程。它提供的軟件主要針對加速藥物發(fā)現和優(yōu)化過程、提高篩選效率和降低成本、極大地重視知識產權的地位、提高藥物性能和增加技術和市場成功的可能性。此外，還提供三個藥物數據庫。

林奈斯生物信息學中心：http://www.lcb.uu.se/

這是林奈斯生物信息學中心(LCB)的網站。林奈斯生物信息學中心研究非?；钴S，隸屬于瑞典Uppsala生物醫(yī)學中心。作為一個由Uppsala大學與瑞典農業(yè)大學的聯合研究機構，確保了高質量的尖端的研究與教育，其研究范圍從微生物與哺乳動物基因組學經計算機的功能基因組學到分子進化。網站還提供有關入學、新聞時事、研討會、工具、學生計劃等方面的信息。

曼徹斯特大學生物信息學教育與研究：http://www.bioinf.man.ac.uk/

曼徹斯特大學生物信息學教育與研究是歐洲分子生物網絡的節(jié)點之一，負責維護一些數據庫（如蛋白質模體指紋數據庫，PRINTS）。站點提供蛋白質同源性分析，蛋白質模體指紋分析，系統(tǒng)發(fā)生和序列進化分析，以及微陣列分析，并提供生物信息學和PRINTS數據庫數據下載。

《生物信息學》：http://www3.oup.co.uk/jnls/list/bioinformatics/etoc.html

生物信息學》是由英國牛津大學出版社出版。其主要刊登生物信息和計算生物學方面的研究論文、書評、綜述、讀者來信和述評等文章。其刊載的文章在兩年內供給學術界免費使用。

生物信息學：http://biotech.icmb.utexas.edu/pages/bioinfo.html

生物信息學是印第安納大學分子和細胞生物學研究所提供的生物信息學資源。此資源包括數據庫、基因發(fā)現程序、蛋白質模建、生物信息學在線教程、研究基金的來源、研究項目和生物信息學工具軟件等。

生物信息學的網絡資源：http://www1.cs.columbia.edu/~cleslie/cs4761/resources.html

生物信息學的網絡資源是美國哥倫比亞大學的Bill Noble教授建立的有關生物信息學的網絡資源總集。其涉及面廣，包括基因組學和生物信息學中心、生物信息學工具和基因組計劃索引、DNA和蛋白質分析工具、生物信息學課程主頁、生物信息學和生物技術的學術項目、生物信息學文獻參考，以及網上引物。

生物信息學趨勢導向：http://www.ped.med.utah.edu/genpedscrr/Trends.htm生物信息學趨勢導向主要提供《今天免疫學》雜志的增刊有關生物信息學的內容。這些內容包括的資源十分豐富，涉及文本格式數據庫，原理和實用數據庫搜索，計算生物學基因發(fā)現，多序列聯配和檢索，蛋白質分類和功能歸屬，系統(tǒng)進化分析和比較基因組學，功能基因組學等。

生物信息學網：http://starr2.myetang.com/

這是生物信息學的網站，主要是負責中國醫(yī)學科學院腫瘤醫(yī)院/腫瘤研究所生物信息學研發(fā)及服務工作。該網站提供生物統(tǒng)計分析以SAS和R為主，并且設有其他數十種生物信息學分析輔助軟件，如Blast,Phrap, Bioperl, EMBOSS, Hmmer, GO等等。另外也提供論壇，相關論文以及常用生物信息學網址等。

生物信息學小組：http://life.anu.edu.au/

生物信息學小組成立于1997年，主要從事分子生物信息學和生物多樣性信息學的研究。其提供豐富的軟件資源，可免費下載使用。軟件種類涉及重組掃描、系統(tǒng)發(fā)生分析、聯配、重復片段的檢測和PCR引物設計等。此外，還有許多數據庫資源。

常見的全文數據庫及其鏈接

Blackwell Synergy

http://www.blackwell-science.com/products/journals/jnltitle.htm;

Sciencedirect

http://www.sciencedirect.com/;

EBSCO

http://www.ebsco.com/home/default.asp;

OVID

http://www.ovid.com/;

Proquest

http://www.proquest.com/;

IDEAL

http://www.idealibrary.com/servlet/useragent?func=showHome;

OCLC

http://www.oclc.com/home/;

Interscience

http://www3.interscience.wiley.com/;

Springer

http://www.springer.de/;

LWW

http://www.lwwonline.com/;

Karger

http://www.karger.com/;

Kluwer Academic Publishers

http://www.wkap.nl/;

Oxford University Press

http://www.oup.co.uk/;

Annual Reviews

http://www.annualreviews.org/;

國內外專利數據庫網址

列出網上一些很有價值的專利資源網址，供大家參考。

中國專利檢索

http://www.sipo.gov.cn/sipo/zljs/default.htm

中國專利全文數據庫（1985年-今）提供者：中國國家知識產權局

中國專利信息檢索網 （http://www.jiansuo.com/）

可免費檢索1985年以來的中國專利，部分可獲得專利說明書全文。包括分類檢索與高級檢索兩種檢索方式。

分類檢索 給出國際專利分類表，可逐層顯示，點擊檢索，則鏈接到高級檢索界面。網址為：http://www.cpic.dhs.org/ipc/

中國專利信息網(http://www.patent.com.cn/)

該系統(tǒng)可以檢索中國專利，并提供文摘，還同時提供了與專利有關的多種信息，如專利轉讓、專利法規(guī)、專利代理機構等。

中國專利文獻數據庫(http://home.exin.net/patent/)

該數據庫收錄了中國專利局自1985年以來公布的所有發(fā)明專利和實用新型專利，內容有題錄、文摘、權利要求等。檢索途徑設有專利名稱、文摘、權利要求、申請人等共計27個字段。用戶可以根據需要選擇某一個字段，輸入關鍵詞進行單項全文檢索；也可以選擇兩個以上字段進行（AND）、或（OR）布爾檢索，但同一字段無法執(zhí)行布爾訪問。

中國知識產權網 (http://www.cnipr.com/)

中國專利檢索，技術產品及商標的展示，圖書的網上展銷，知識產權信息服務。

中國發(fā)明專利信息網 （http://www.1st.com.cn/）

該站點與《發(fā)明與革新》雜志社結成合作伙伴，提供專利檢索、專利快訊、好書及相關網站推薦、免費點子庫、網上求助等服務。

臺灣專利數據庫 (http://www.apipa.org.tw/)

由臺灣亞太智慧財產權基金會提供，使用臺灣BIG-5碼檢索和顯示。

國外專利檢索

http://www.uspto.gov/patft/;

美國專利全文數據庫（1790年-今）

提供者：United States patent and trademark office （美國專利商標局）

http://ep.espacenet.com/;

世界知識產權組織專利數據庫（PCT）、歐洲專利數據庫、日本專利

提供者：The European Patent Office （歐洲專利局）

http://patents1.ic.gc.ca/intro-e.html;

加拿大專利全文數據庫（1920年-今）

提供者：The Canadian Intellectual Property Office （加拿大知識產權局）

Delphion Patent Server (http://www.delphion.com/)

注冊用戶通過Delphion 專利服務器可檢索世界各國專利，但非注冊用戶可以檢索到1974年以來的美國專利的文摘和全文的第一頁掃描圖像。

Delphion

世界各國專利，可看到前十三頁全文

Europe's Network of Patent Databases (歐洲專利)（http://gb.espacenet.com/）

該站點可以檢索到歐洲專利的文摘和全文的掃描圖像。并可檢索到世界知識產權組織(WIPO)的文摘和全文的第一頁掃描圖像。

歐洲及歐洲各國專利 (http://www.european-patent-office.org/espacenet/info/access.htm)

該網站由歐洲專利局提供，可用于檢索歐洲及歐洲各國的專利，包括歐洲專利（EP）、英國專利、德國專利、法國專利、澳地利專利、比利時專利、意大利專利、芬蘭、丹麥、西班牙、瑞典、瑞士等15個歐洲國家的專利。

PCT國際專利 （http://pctgazette.wipo.int/）

由世界知識產權組織（WIPO）提供，收錄了1997年1月1日至今的PCT國際專利，僅提供專利扉頁 題錄，文摘和圖形。

世界知識產權組織的IPDL （http://ipdl.wipo.int/）

由世界知識產權組織建立的知識產權電子圖書館，提供世界各國專利數據庫檢索服務，其中包括： PCT國際專利數據庫，中國專利英文數據庫，印度專利數據庫，美國專利數據庫，加拿大專利數據庫，歐洲專利數據庫，法國專利數據庫，JOPAL科技期刊數據庫，DOPALES專利數據庫，MADRID設計數據庫等。

Canadian Patent Database（http://patents1.ic.gc.ca/intro-e.html）

可以檢索1989年以后的加拿大專利，無文摘。

一．數據庫目錄

2000年，出版《核酸研究》的牛津大學出版社設立了一個數據庫目錄網頁，這個網頁把數據庫分成18類在郝柏林、張淑譽編著的《生物信息學手冊》中，他們進行了合并，又把數據庫目錄、農林牧有關數據庫、醫(yī)學數據庫和文獻單獨列出，分成以下16類：

1. 數據庫目錄

2. 綜合數據庫包括DNA序列陣：EMBL、GenBank、DDBJ、GSDB、TDB和UniGene

3. DNA序列數據庫主要是與基因結構和認定有關的數據庫，如密碼子使用頻度表、真核生物啟動子庫、內含子和外顯子庫等

4. RNA序列和核糖體數據庫

5. 基因圖譜數據庫

6. 人類基因組數據庫

7. 其他物種基因組數據庫

8. 基因表達數據庫

9. 基因突變、病理和免疫數據庫

10. 蛋白質序列數據庫

11. 蛋白質結構數據庫

12. 比較基因組學和蛋白質組學數據庫

13. 代謝途徑和細胞調控數據庫

14. 與農林牧有關數據庫

15. 醫(yī)學數據庫

16. 其他數據庫

二．綜合數據庫

INSD,國際核酸序列數據庫（International Nucleotide Sequence Databank）由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國的GenBank三家各自建立和共同維護

EMBL庫，歐洲分子生物學實驗室的DNA和RNA 序列庫

http://www.ebi.ac.uk/embl.html

GenBank ，美國國家生物技術信息中心 （NCBI）所維護的供公眾自由讀取的、帶注釋的DNA序列的總數據庫

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/

DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸數據庫

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

GSDB是由美國國家基因組資源中心（NCGR）維護的DNA序列關系數據庫（Genome Sequence DataBase）

http://www.ncgr.org/gsdb/

TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA數據庫，還有大量的EST序列和人類基因索引（HGI）

http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html

三．DNA序列和結構數據庫

包括與DNA的復制、轉錄、修復等有密切關系的蛋白質因子

BioSino是中國自主開發(fā)的核酸序列公共數據庫

http://www.biosino.org/

CUTG,密碼子使用頻度表

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

http://www.kazusa.or.jp/codon/

http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html

EPD,真核生物啟動子數據庫（Eukaryotic Promotor Database）

http://www.epd.isb-sib.ch/

TRANSFAC,真核生物基因表達調控因子的數據庫

http://transfac.gbf.de/TRANSFAC

TRRD.真核生物基因組轉錄調控區(qū)數據庫

http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/

OOTFD,轉錄因子和基因表達數據庫

http://www.ifti.org/

RepBase,真核生物DNA中重復序列數據庫

http://www.girinst.org/~server/repbase.html

MicroSatellite,微衛(wèi)星重復序列數據庫

http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html

ALU數據庫是人及其他靈長類代表性的Alu重復片段

http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)

Simple Repeats,簡單重復序列庫

http://ncbi.nlm.nih.gov/

COMPEL,復合元件數據庫

ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)

MPDB,分子探針數據庫

http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html

HvrBase,靈長類mtDNA調控區(qū)序列庫，主要是人的HVI和HVII兩個高變異區(qū)的序列http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/

PlantCARE,植物順式作用(cis-acting)調控因子數據庫.

http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/

PLACE是從文獻中搜集的植物順式作用調控元件DNA模體的數據庫,只涉及維管植物.

http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/

ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)

Mendel數據庫,搜集植物STS和EST序列.

http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/

HOX Pro同源異型盒(homeobox)基因數據庫.

http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html

OPD,寡核苷酸探針數據庫(Oligonucleotide Probe Database).

http://www.cme.msu.edu/OPD/

dbSTS,序列標記位點(Sequence Tagged Sites)數據庫.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS)

dbEST.這是GenBank的重要組成部分,它包含若干物種的已表達的序列標記信息.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST)

AmmtDB,后生動物線粒體DNA多序列聯配數據庫,搜集了脊椎動物線粒體中編碼蛋白質和tRNA的多DNA序列對比數據,以及哺乳動物mtDNA主調控區(qū)序列聯配數據.

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB

HOVERGEN,脊椎動物同源基因數據庫(HOmologous VERtebrate GENes)

http://acnuc.univ-lyon1.fr/

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen)

DNA結構參數庫.

ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)

NUCLEOSOME數據庫,收集實驗測定的核小體數據,用于預測DNA中與組蛋白八聚體結合的位點.

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/

SELEX_DB,隨機化序列庫.

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/

ASDB,交替剪接基因的數據庫.

http://hattrick.lbl.gov:8888/

Intronerator,秀麗線蟲內含子和交替剪接數據庫http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/

IDB和IEDB前者是內含子序列數據庫，后者是內含子演化數據庫http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html

EID,外顯子、內含子數據庫

http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/

ExInt,外顯子、內含子數據庫

http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html

NDB,核酸晶體結構數據庫

ftp://ndbserver.rutgers.edu/

http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html

VectorDB,載體數據庫

http://vectordb.atcg.com/

Vector和Vector-ig,包分子生物學常用的許多載體的注釋和序列信息ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig)

ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector)

四．RNA序列和核糖體數據庫

1993年成立的RNA學會，在出版RNA刊物同時，還維護著兩個信息網頁：

http://www.pitt.edu/~rna1/

http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html

snoRNA,小核仁RNA數據庫

http://www.bio.umass.edu/biochem... noRNA-DataBase.html

Small RNA數據庫

http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html

RNAse P數據庫，包含RNA水解酶P的RNA亞基序列、聯配、二級結構和三維模型http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html

tmRNA網點包含 tmRNA序列、公認蛋白質水解標記、序列聯配、確定新tmRNA的導引，以及簡要綜述等

http://www.indiana.edu/~tmrna/

tmRDB.已經聯配好的、加有注釋的、按親緣關系排列的tmRNA序列數據

http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html

gRNA,導引RNA數據庫

http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/

SRPDB,信號識別粒子數據庫

http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html

TransTerm,信使RNA的組分和翻譯控制信號數據庫http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/

類病毒和類病毒樣RNA數據庫

http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/

UTRdb和UTRsiteUTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻譯區(qū)序列的非冗余數據庫，UTRsite搜集這些非翻譯區(qū)序列中的功能片段

http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/

ncRNA,似mRNA的非編碼RNA數據庫

http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html

RNAmods,RNA修飾數據庫

http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html

ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods)

AARSDB,酰氨基tRNA合成酶數據庫

http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html

tRNA序列和基因、結構與功能數據庫

http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/

PLMItRNA基于FastA的綠色植物線粒體tRNA分子和tRNA基因的數據庫

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/

http://www.ebi.ac.uk/services/

16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp數據庫，是一批16S和23S核糖體RNA突變數據庫

http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html

ftp://acad.fandm.edu(/nar/)

RNA www,RNA二級結構網頁，也有16S RNA和23S RNA的數據

http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/

uRNADB,已經聯配好的、加有注釋的、按親緣關系排列的uRNA序列數據

http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html

U-insertion/deletion,編輯序列數據庫，包含5個無脊椎動質體目物種的線粒體基因和編輯后的mRNA序列

http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html

PseudoBase,假扭結數據庫

http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html

RDP,核糖體數據庫計劃包含小亞基和大亞基的兩部分rRNA,由已聯配的RNA序列以及親緣樹組成

http://www.cme.smu.edu/RDP/

http://rdpwww.life.uiuc.edu/

http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/)

SSU rRNA歐洲核糖體小亞基RNA結構數據庫

http://rrna.uia.ac.be/ssu/

LSU rRNA歐洲核糖體大亞基RNA結構數據庫

http://rrna.uia.ac.be/lsu/

5S rRNA數據庫

http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html

DRC,核糖體交鏈數據庫

http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/

ACTIVITY,DNA和RNA中功能位點數據庫

http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/

RNA非正則配對數據庫

http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/

五．基因圖譜數據庫

Rhdb,輻射雜交數據庫

http://www.ebi.ac.uk/RHdb

http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb)

Mouse RH數據庫

http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/

GDB,人類基因組數據庫

http://www.gdb.org/

ftp://ftp.gdb.org/

GeneMap’99,人類基因圖譜1999年版

http://www.ncbi.nih.gov/genemap/

HuGeMap,人類基因遺傳圖譜和物理圖譜的分布式集成數據庫

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)

六．人類基因組有關數據庫

人類染色體數據網址：

http://linkage.rockefeller/chr1/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr1

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr2

http://mars.uthscsa.edu/

http://www.genomics.org.cn/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr4

http://www.jgi.doe.gov/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr6

http://www.genet.sickkids.on..ca/chrdb

http://www.gc.bcm.tmc.edu:8080/chr8/home.html

http://www.gene.ucl.ac.uk/chr9

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr9

http://www.cric.com/htdocs/chr10-mapping/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr10/

http://chr11.bc.ic.ac.uk/

http://mcdermott.swmed.edu/datapage/

http://shows.med.buffalo.edu/database.html

http://paella.med.yale.edu/chr12/home.html

http://genome.ccc.columbia.edu/~genome/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr13/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr15/

http://www.jgi.doe.gov/

http://www.tigr.org/tdb/humgen/c16.html

http://bioinformatics.weizmann.ac.il/

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr18/

http://www.jgi.doe.gov/

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr20.txt

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chr20/

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr21.txt

http://www-eri.uchsc.edu/chr21/welcome.html

http://www.cephb.fr/chromosome21.html

http://www.cbil.upenn.edu/HGC22.html

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchr22.txt

http://www.sanger.ac.uk/hum22/HGP/chr22/

http://www.genome.ou.edu/gifs/

http://www.expasy.vh/cgi-bin/lists?humchrx..txt

http://gc.bcm.tmc.edu:8080/chrX/home.html

http://www.sanger.ac.uk/HGP/chrX/

http://www.expasy.ch/cgi-bin/lists?humchry.txt

http://www.infinity.gen.emory.edu/mitomap.html

1．人類基因組測序中心

HUGO是人類基因組組織的縮寫

http://hugo.gdb.org/

HUGO Pacific GENOME Newsletter 是HUGO在太平洋部分，其中反映中國情況的短文在：

http://hugo-pacific.genome.ac.jp/3_2contents/china.html

美國能源部支持的人類基因組計劃

http://www.er.doe.gov/production/ober/hug_top.html

美國國家衛(wèi)生署對人類基因組計劃的支持，通過NHGRI即國家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute）體現

http://www.nhgri.nih.gov/

英國Wellcome Trust是人類基因組計劃的另一個主要資助者

http://www.wellcome.ac.uk/

百慕大原則：測序的中間和最終結果都必須迅速的公開

http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/bermuda.html

世界上主要人類基因組測序中心的名單

http://www-hgc.lbl.gov/inf/Hgcenters.html

http://www.ornl.gov/hgmis/centers.html

NCBI的GenBank數據庫從1999年10月起，建立了智人基因組子目錄，其下按染色體編號設子目錄

http://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/genomes/H_sapiens/

英國的Sanger中心的人類基因組計劃網頁，不僅有它們負責測序的染色體數據，還有到其他染色體數據的鏈接

http://www.sanger.ac.uk/HGP/

日本的DDBJ和信息生物學中心（CIB）聯合建立了一個Human Genomics Studio，可以按染色體編號檢索和查找基因序列

http://studio.nig.ac.jp/

Sanger 中心是世界上最大的DAN測序中心之一承擔人類基因組計劃的三分之一，集中在1、6、9、10、13、20、22和X

http://www.sanger.ac.uk/HGP/stats.html

LBNL，Lawrence Berkeley 國家實驗室

http://www-hgc.lbl.gov/GenomeHome.html

LLNL，Lawrence Livermore 國家實驗室

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/genome/genome.html

LANL，美國洛斯阿拉莫斯國家實驗室

http://www-ls.lanl.gov/index.html

JGI，由美國能源部支持的，依托LBNL、LLNL和LANL三個國家實驗室的人類基因組研究部門建的聯合基因組研究所（Joint Genome Institute）

http://jgi.doe.gov/

UWGC，華盛頓大學基因中心，是國際上最活躍的測序中心之一

http://www.genome.washington.edu/

ftp://ftp.genome.washington.edu/

SHGC，斯坦福大學人類基因中心，主要做高分辨率輻射雜交圖譜，以及人類第四號染色體BAC克隆的測序

http://www-shgc.stanford.edu/

美國哥倫比亞大學基因中心，主要研究和人類疾病有關的基因和第13號染色體圖譜

http://genome1.ccc.columbia.edu/~genome/

http://genome3.cpmc/columbia.edu/~legion/

GENETHON，法國人類基因組研究中心

http://www.genethon.fr/genethon_en.html

2．人類基因組有關數據

GenBank、 EMBL 、GSDB 、GDB等綜合數據庫的主要內容都來自人

UniGene,人類基因序列集合，搜集了GenBank中不同基因產物的序列

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/

HIB數據庫，是德國人類基因組計劃中基因分析項目所建立的自動注釋的基因集團數據庫

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/human/

dbSNP,設在美國國家生物技術信息中心NCBI的單核苷酸多態(tài)性數據庫，收錄單核苷酸置換，以及短的刪除和插入所導致的多態(tài)性

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/

Whitehead的生物醫(yī)學研究所的人類單核苷酸多態(tài)性（SNP）數據庫

http://www-genome.wi.mit.edu/SNP/human

HGBASE是人類雙等位基因序列（Human Genic Bi-Allelic Sequences）的縮寫，這是人類基因從啟動子到轉錄終點，即基因及其前后所發(fā)現的所有單核苷酸多態(tài)性和其他變化的數據庫

http://hgbase.interactiva.de/

http://hgbase.cgr.ki.se/

位于St.Louis的華盛頓大學的SNP數據庫

http://www.ibc.wustl.edu/SNP/

I.M.A.G.E協(xié)作組，他們共享高質量的cDNA克隆庫，并把有關序列、圖譜和表達數據公開

http://www-bio.llnl.gov/bbrp/image/image/html

美國菌種保藏中心（American Type Culture Collection）

http://www.atcc.org/

GenMapDB,V.Cheung實驗室維護的一個BAC圖譜數據庫

http://w95vcl.neuro.chop.edu/vcheung/

BAC Ends,人類BAC末端數據庫

http://www.tigr.org/tdb/humgen/bac_end_search/

HUGE,人類未經實驗證實的編碼基因的數據庫

http://dazusa.or.jp/huge/

IXDB,集成的人類X染色體物理圖譜數據庫

http://ixdb.mpimp-berlin-dahlem.mpg.de/

Genotype,法國人類多態(tài)性研究中心的基因型數據庫

http://www.cephb.fr/cephdb/

VIRGIL,專門為GDB中的人類基因和GenBank中的DNA序列提供對應鏈接關系的數據庫

http://www.infobiogen.fr/services/birgil/Hpvirgil.html

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/viogil/virgil.ffl)

KinMutBase,人類致病蛋白質激酶突變數據庫

http://www.uta.fi/imt/bioinfo/KinMutBase/

CpGIsle,人類基因中CpG島數據庫

ftp://bioslave.uio.no(/cpgisle)

ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/cpgisle/)

ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/cpgisle)

p53數據庫研究人類腫瘤及腫瘤細胞系p53基因突變的數據庫，包括：p53庫、體細胞突變庫、種系突變庫和細胞系突變庫

http://perso.curie.fr/tsoussi/

IARC p53數據庫法國國際癌癥研究會的腫瘤和細胞系P53基因突變數據庫

http://www.iarc.fr/p53/homepage.html

http://www.ebi.ac.uk/

p53數據庫具有癌癥傾向家族P53種系突變數據庫

http://www.lf2.cuni.cz/projicts/germline_mu_p53.html

ftp://ftp.lf2.cuni.cz(/pub/doc/medical/)

人類P53基因突變及軟件

http://metalab.unc.edu/dnam/des_p53.html

人類hprt即次嘌呤磷酸核糖基轉移酶基因突變數據庫和在PC視窗下運行的分析軟件

http://metalab.unc.edu/dnam/des_hprt.html

轉基因嚙齒動物LacI數據庫

http://metalab.unc.edu/dnam/des_laci.html

轉基因嚙齒動物LacZ突變庫基因突變數據庫及分析軟件

http://matalab.unc.edu/dnam/des_lacz.html

WRN基因突變與遺傳病Werner綜合征有關

http://www.pathology.washington.edu/werner/ws-wrn.html

OMIM,在線人類孟德爾遺傳數據庫

http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/omim/

STACK,南非國家信息中心SANBI維護的一個序列標記聯配和代表序列知識庫

http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html

SANIGENE是與STACK密切相關的一個數據庫它包含所有經過計算機處理聯配過的人類基因EST的集團

http://www.sanbi.ac.za/Dbases.html

七．其他物種基因組數據庫

DOGS，基因組尺寸數據庫

http://www.cbs.dtu.dk/

GenBank的/genomes/子目錄：

ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn(/pub/databases/genband/genomes/)

EuGenes,真核生物基因綜合知識庫，目前包括果蠅、人、小鼠、擬南芥、線蟲、酵母、和斑馬魚的數據

http://iubio.bio.indiana.edu/eugenes

1.原核生物基因組

細菌基因組計劃的進展情況，可從以下網站查詢：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PMGifs/Genomes/bact.html

MOT ，歐洲生物信息研究所EBI的基因組測序進展表

http://www.ebi.ac.uk/~sterk/genome-MOT/

GIB，日本DDBJ設立的Genome Information Broker for microbial genomes 的縮寫

http://mol.genes.nig.ac.jp/gib/

MAGPIE測序計劃清單也可以參考

http://www-fp.mcs.anl.gov/~gaasterland/genomes.html

EMGLib,增補微生物基因組庫

http://pbil.univ-lyon1.fr/emglib/emglib.html

大腸桿菌K12菌株的完全基因組序列，可由GenBank的子目錄/genomes/獲取，或從華盛頓大學大腸桿菌基因組中心，即Blattner實驗室的網頁讀?。?/p>

http://www.genetics.wisc.edu/pub/sequence/

ECDC,大腸桿菌菌株K12的基因序列庫，包括基因、讀框、調控區(qū)、啟動子、終止子、tRNA和rRNA等

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/ecdc.html

ftp://ftp.ebi.ac.uk)/pub/databases/ecdc)

EcoGene和EcoWeb,大腸桿菌K12菌株基因組數據庫，包括基因、蛋白質、基因間蛋白質組信息

http://bmb.med.miami.edu/EcoGene/EcoWeb/

RegulonDB,大腸桿菌轉錄調控和操作子數據庫

http://www.cifn.unam.mx/Computational_Biology/regulondb/

NRSub,非冗余枯草芽孢桿菌DNA數據庫，包括完全基因組、密碼子使用表、基因圖譜和基因家族

http://acnuc.univ-lyon1.fr/nrsub/nrsub.html

ftp://ftplnig.ac.jp(/pub/db/nrsub)

HIDB,流感嗜血菌完全基因組的原始數據庫

http://www.tigr.org/tdb/mdb/hidb/hidb.html

ftp://ftp.tigr.org/pub/data/h_influenzae

HIDC,流感署血菌基因序列庫

http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc/hidc.html

CyanoBase,藍細菌數據庫，實際上是集胞藍細菌的基因組數據庫藍細菌具有氧化和光合作用所需的全套基因

http://www.kazusa.or.jp/cyano/cyano.html

MJDB,詹氏甲烷球菌基因組數據庫

ftp://ftp.tigr.org(/pub/data/m_jannaschii)

http://www.tigr.org/tdb/mdb/mjdb/mjdb.html

MycDB,分枝桿菌數據庫

http://www.biochem.kth.se/MycDB.html

RsGDB,類球紅細菌基因組數據庫第一作者聯系：

mailto:/[email protected]

PGI,疫霉屬基因預研究計劃的數據庫

http://www.ncgr.org/pgi/

2.真菌基因組

SGS,釀酒酵母基因組數據庫

http://genome-www.standford.edu/Saccharomyces/

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/yeast)

LISTA,LISTA-HOP和LISTA-HON是釀酒酵母基因組中蛋白質編碼序列及其同源性的數據庫

http://www.ch.embnet.org/

ftp://bioftp.unibas.ch/

MYGD,酵母基因組、蛋白質和同源關系的數據庫

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/yeast/

YIDB,酵母內含子數據庫

http://www.EMBL-Heidelberg.DE/ExternalInfo/seraphin/yidb.html

MNCDB,由德國MIPS所維護的粗糙鏈孢霉基因組數據庫

http://www.mips.biochem.mpg.de/desc/neurospora/

真菌基因組資源的網址：

http://fungus.genetics.uga.edu:5080/main.html

FGSC,真菌遺傳學信息中心

http://www.fgsc.net/

3.原生生物和線蟲基因組

歐洲生物信息研究所EBI的原生生物網頁：

http://www.ebi.ac.uk/Projects/Protozoa/

AceDB,線蟲綜合數據庫

ftp://sanger.ac.uk(/pub/acedb)

ftp://ncbi.nlm.nih.gov(repository/acedb)

ftp://lirmm.lirmm.fr(/pub/acedb)

關于線蟲發(fā)育特別是化學感覺神經的研究

http://devbio-mac1.ucsf.edu/

4.昆蟲基因組

斯坦福大學的果蠅基因組中心

http://www.fruitfly.org/

FlyBase,果蠅基因和分子數據庫

http://flybase.bio.indiana.edu/

ftp://flybase.bio.indiana.edu/

FlyNets,果蠅分子和遺傳相互作用數據庫

http://gifts.univ-mrs.fr/FlyNets/

GIF-DB,果蠅胚胎發(fā)育過程中基因相互作用的WWW數據庫

http://www-biol.univ-mrs.fr/~lgpd/GIFTS_home_page.html

哈佛大學的果蠅網頁

http://morgan.harvard.edu/

MsqDB,蚊子基因數據庫

http://klab.agsci.colostate.edu/acedb/MsqDB-acedb.html

ftp://klab.agsci.colostate.edu/

5.魚類數據庫

美國國家衛(wèi)生署1997年建立的斑馬魚網頁

http://www.nih.gov/science/models/zebrafish/

ZFIN,斑馬魚基因組、發(fā)育突變和野生種系數據庫

http://zfish.uoregon.edu/ZFIN/

Fugu是河豚的數據庫

http://fugu.hgmp.mrc.ac.uk/

6.嚙齒動物基因組

下面是有關家鼠的數據庫

M.Musculus基因組庫

ftp://ncbi.nlm.mih.gov(/genbank/genomes/M_muslulus)

MGD,家鼠基因組庫，現在又稱MGI即家鼠基因組信息庫

http://www.informatics.jax.org/mgd.html

ftp://ftp.informatics.jax.org/

Cre轉基因家鼠系的數據庫

http://www.chinainfo.gov.cn/periodical/yc/yc9903/990314html

RatMap,大鼠基因圖譜數據庫

http://ratmap.gen.gu.se/

7.細胞器數據庫

主要是線粒體和葉綠體基因的數據

MitoNuc和MitoAln是關于編碼線粒體蛋白的細胞核基因的兩個相互關聯的數據庫

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/

GOBASE,細胞器基因組數據庫

http://megasun.bch.umontreal.ca/gobase/

MitBASE,線粒體DNA數據庫，集成所有已知線粒體基因信息

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

人類線粒體數據庫

http://bio-www.ba.cnr.it8000/Tutorials/MitBASE/

MitBASE Pilot,酵母線粒體中核基因數據庫

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

植物和藻類線粒體數據庫

http://tomic.ebi.ac.uk:8889/mitb... .pla_show_qry_opts/

原生生物線粒體數據庫

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tu... /protist_table.html

脊椎動物線粒體數據庫

http://bio-www.ba.cnr.it:8000/Tutorials/MitBASE/vertebrate.html

8.擬南芥基因組

MATDB,國際擬南芥基因組計劃的數據匯總

http://www.mips.biochem.mrg.de/desc/thal/

AtDB,擬南芥基因組數據庫

http://genome-www.stanford.edu/Arabidopsis/

ftp://genome-ftp.stanford.edu(/pub/arabidopsis)

DatA,擬南芥基因組注釋庫

http://luggagefast.Stanford.edu/group/arabprotein/

TAIR,擬南芥信息資源

http://www.arabidopsis.org/

AGR,擬南芥基因組資源

http://synteny.nott.ac.uk/agr/agr.html

TIGR-AT，TIGR研究所的似南芥EST和基因序列數據庫

http://www.tigr.org/tdb/at/at.html

9.病毒數據庫

ICTVdB,病毒數據庫

http://life.anu.edu.au/viruses/ICTVdB/ictvdb.html

VIDEdB,病毒鑒定交換數據庫

http://biology.anu.edu.au/research-groups/MES/vide/

RDV,水稻矮縮病毒基因組數據庫

http://www.cbi.pku.edu.cn/rdv/

八．蛋白質序列數據庫

SWISS-PROT是對數據人工審讀很嚴格的庫

http://www.expasy.ch/sprot/

TrEMBL是從EMBL庫中的核酸序列翻譯出來的氨基酸序列，已經完成了自動注釋

http://www.ebi.ac.uk:5000/

PIR是蛋白質信息資源的縮寫

http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protseqdb/

GenBank是由GenBank中的DNA序列翻譯得到的蛋白質序列，與TrEMBL相似、但沒有像后者那樣經專家審讀

http://www.infobiogen.fr/srs/

PROSITE,由專家根據生物知識審編的SWISS-PROT蛋白質序列中有生物意義的位點、模式和輪廓的數據庫

http://www.expasy.ch/prosite/

PrositeScan服務器，根據用戶填表提交的蛋白質序列搜索PROSITE模式

http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PSTSCAN_form.html

PSD,蛋白質序列數據庫，是PIR的主體

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/texpsd.html

PATCHX,PIR的子庫之一，收入尚未納入PIR庫的蛋白質序列

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/patchx.html

ARCHIVE,PIR的子庫之一，保存PIR庫中條目的原始文獻或最初提交的序列

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/achive.html

ProClass,蛋白質類數據庫，是根據PROSITE庫和PIR庫中超家族的關系組織起來的非冗余蛋白質庫

http://pir.georgetown.edu/gsfserver/prolclass.html

http://diana.uthct.edu/proclass.html

PIR-ASDB,PIR的注釋和相似性數據庫

http://www-nbrf.georgetown.edu/por/

KIND,瑞典斯德哥爾摩生物信息中心維護的非冗余蛋白質序列庫

ftp://ftp.mbb.ki.se(/pub/KIND)

ENZYME,基于命名系統(tǒng)的酶數據庫

http://www.expasy.ch/enzyme/

BRENDA,這是一個內容廣泛的酶的信息庫

http://www.brenda.uni-koeln.de/

OWL,蛋白質序列庫，是由SWISS-PROT，PIR，GenBank翻譯序列和PDB等數據庫產生的非冗余的蛋白質序列庫

http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmb5dp/owl.html

GeneCards,由以色列魏茨曼科學研究所維護的關于基因及其產物，以及它們的生物醫(yī)學應用的文獻庫

http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards

SWISS-2DPAGE,由二維聚丙烯酰胺凝膠電泳所確定的蛋白質的參考圖譜數據庫，包括文本和圖象信息，通向其他2D-PAGE數據庫的鏈接等

http://www.expasy.ch/ch2d/

HDB,組蛋白數據庫，包括聯配好的組蛋白序列以及已確認包含有組蛋白折疊模體的非蛋白序列，以及所有已知組蛋白和組蛋白質折疊的結構，同時指出不同數據庫中類似序列的差異

http://genome.nhgri.nih.gov/histones/

HOBACGEN數據庫，包含按家族組織的所有細菌的蛋白質序列，有助于從各種細菌選取同源家族，作多序列聯配和構建親緣樹

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/medgen/mitop/

MITOP,線粒體蛋白質組數據庫，包括線粒體有關的基因、蛋白質和疾病信息

http://www3.ebi.ac.uk/Research/Mitbase/mitbase.pl/

MITOMAP,人類線粒體基因組數據庫

http://www.gen.emory.edu/mitomap.html

REBASE,限制性內切酶和甲基化酶數據庫

http://www.neb.com/rebase

ProtoMap,蛋白質分類數據庫

http://www.protomap.cs.huji.ac.il/

ISSD蛋白質序列數據庫

http://www.protein.bio.msu.su/issd/

PRF,日本蛋白質研究基金會維護著三個蛋白質和多肽數據庫：PRF/LITDB文獻庫、PRF/SEQDB序列庫及PRF/SYNDB合成產物庫

http://prfsun2.prf.or.jp/

MEROPS,肽酶數據庫

http://www.bi.bbsrc.ac.uk/Merops/Merops.html

PKR,蛋白激酶信息庫

http://www.sdsc.edu/Kinases/pkr/pkk_catalytic/pk_cat_list.html

Wnt基因網頁

http://vonbaer.ana.ed.ac.uk/rnusse/wntwindow.html

PhosphoBase,磷酸化位點數據庫

http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/

SYSTERS,蛋白質集團數據庫

http://www.dkfz-heidelberg.de/tbi/services/cluster/

DIP蛋白質相互作用數據庫

http://URLdip.doe-mbi.ucla.edu/

DexH/D數據庫

http://www.columbia.edu/~ej67/dbhome.htm

Homeodomain,同源異形結構域數據庫

http://genome.nhgri.gov/homeodomain/

InBase,新英格蘭生物實驗公司的蛋白質剪接數據庫

http://www.neb.com/neb/inteins.html

LGICdb,配體門控離子通道數據庫

http://www.pasteur.fr/recherche/banques/LGIC/LGIC.html

SENTRA,信號傳遞蛋白質數據庫

http://wit.mcs.anl.gov/WIT2/Sentra/

ICN,離子通道網絡，是由美國神經科學數據庫中心等單位聯合建立的一個內容豐富的網頁

http://pain.med.umn.edu/csn/

Aaindex,氨基酸索引數據庫

http://www.genome.ad.jp/aaindex/

九、蛋白質結構和分類數據庫

PDB,蛋白質結構數據庫

http://www.rcsb.org/pdb/

RCSB,結構生物信息學信息學合作研究組織

http://www.rcsb.org/

PDBNEW,下一版PDB庫正式發(fā)布前收到的全新或更新條目

http://www.pdb.bnl.gov/

PDBFinder,在PDB、DSSP、HSSP、基礎上建立的二級庫，包含PDB序列、作者、R因子、分辨率、二級結構等

http://www.sander.embl-heidelberg.de/pdbfinder/

ftp://swift/embl-heidelberg.de(/pdbfinder)

PDB at a Glance清單

http://cmm.info.nih.gov/modeling/pdb_at_a_glance.html

PDBselect數據庫

http://swift.embl-heidelberg.de/pdbsel/

PDBsum是PDB庫中數據的更便于閱讀的總結和分析，以及一些衍生數據

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html

BioMagResBank簡稱BMRB，是關于多肽、蛋白質和核酸的核磁共振數據庫

http://www.bmrb.wisc.edu/

CSD,劍橋結構數據庫

http://www.ccdc.cam.ac.uk/prods/csd.html

NRL-3D,三維結構已經確定的蛋白質序列庫

http://www.gdb.org/Dan/proteins/nr13d.html

FAMBASE,,是每個蛋白質家族的代表序列的集合，它有助于加速同源性搜索

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/fambase.html

ProtFam,蛋白質超家族的序列聯配數據庫

http://www.mips.biochem.mpg.de/proj/protfam/protfam/

SCOP,蛋白質結構分類數據庫

http://www.ipc.pku.edu.cn/scop/

CATH,蛋白質結構與功能關系分類數據庫

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/

PIR-ALN,蛋白質序列聯配數據庫

http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/alndb.html

3Dee,蛋白質結構域定義的數據庫

http://circinus.ebi.ac.uk:8080/3Dee/

ProTherm,蛋白質及其變異體熱力學數據庫

http://www.rtc.riken.go.jp/protherm.html

ASTRAL是基于SCOP數據庫的一組分析蛋白質結構和蛋白質序列的數據庫和工具

http://astral.stanford.edu/

RESID,蛋白質翻譯后修飾情況的數據庫

http://pir.georgetown.edu/pirwww/search/textresid.html

SMART是簡單模塊構架搜索工具的縮寫

http://SMART.embl-heidelberg.de/

PROMISE數據庫

http://bmbsgi11.leeds.ac.uk/bmbknd/promise/MAIN.html

MMDB蛋白質分子模型數據庫

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/

VAST矢量聯配搜索工具

http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

DSSP,PDB庫中所有蛋白質條目的二級結構歸屬數據庫

http://swift.embl-heidelberg.de/dssp/

HSSP,按同源性導出的蛋白質二級結構數據庫

http://www.sander.embl-heidelberg.de/hssp/

Dali/FSSP,基于PDB數據庫中現有蛋白質三維結構，用自動結構對比程序Dali逐一比較而形成的折疊單元和家族分類庫

http://www.embl-ebi.ac.ul/dali/

http://croma.ebi.ac.uk/dali/fssp/

3d_ali數據庫，搜集彼此相關的蛋白質序列和結構數據

http://www.embl-heidelberg.de/argos/ali/ali.html

DEF蛋白質折疊類的預測數據庫

http://zeus.cs.uoi.gr/neural/biocomputing/def.html

INFOGENE,Sanger中心計算基因組學小組維護的、各基因組測序計劃所提供的序列中已知的蛋白質和預測出的基因與蛋白質的數據庫

http://genomic.sanger.ac.uk/inf/infodb.html

TMBase,跨膜蛋白數據庫

ftp://ulrec3.unil.ch(/pub/tmbase)

PRESAGE是關于結構基因組學的一個數據庫，它為庫中每個蛋白質搜集了反映當前實驗狀況、結構、模型和研究建議的注釋

http://presage.stanford.edu/

SBASE,帶有注釋的蛋白質序列片、即蛋白質結構域的數據庫，由ICGEB建立和維護

http://www.icgeb.trieste.it/sbase/

InterPro,集成的蛋白質結構域和功能位點數據庫

http://www.ebi.ac.uk/interpro/

HITS,瑞士新近建立的一個蛋白質結構域數據庫

http://www.isrec.isb-sib.ch/cgi-bin/hits/hits_index

BLOCKS,蛋白質分類與同源性數據庫，包含蛋白質家族中保守區(qū)域的組塊多序列聯配的數據

http://www.blocks.fhcrc.org/

BLOCKS+數據庫

http://www.blocks.fhcrc.org/

PFAM高質量的蛋白質結構域家族數據庫

http://www.sanger.ac.uk/Sorfware/Wise2/

PRINTS數據庫最近改名為PRINTS-S，這是一個蛋白質家族的指紋和模體數據庫

http://www.bioinfo.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/

ProDom自動產生的蛋白質結構域家族數據庫

http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html

DOMO,蛋白質結構域數據庫

http://www.infobiogen.fr/services/domo/

GRBase,這是參與基因調控的蛋白質的數據庫

http://www.access.digex.net/~regulate/

PMD,蛋白質突變體數據庫

http://pmd.ddbj.nig.ac.jp/

GLYCBASE,蛋白質糖基化位點數據庫

http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/

ORDB嗅覺受體蛋白質序列數據庫

http://ycmi.med.yale.edu/senselab/ordb/

CarbBank亦稱CCSD，復雜碳水化合物結構數據庫，通常與蛋白質結構數據庫歸在一起

http://www.ccrc.uga.edu/

SWISS-3DIMAGE,蛋白質三維圖象和PDB瀏覽器

http://www.expasy.ch/sw3d/

IMB,大分子三維圖象庫

http://www.imb-jena.de/IMAGE.html

BioImage,多維生物學數據庫

http://www-embl.bioimage.org/

MolMovDB,耶魯大學的生物信息學研究室維護的分子運動數據庫

http://bioinfo.mbb.yale.edu/MolMovDB/

ModBase,蛋白質結構模型比較數據庫

http://pipe.ruckefeller.edu/modbase/

十．比較基因組學和蛋白質組學數據庫

COG直系同源聚類數據庫

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

GeneCensus,耶魯大學生物信息學研究室維護的各物種基因組的比較數據庫，著重于折疊單元的結構對比

http://ncbi.nlm.nih.gov/XREFdb/

XREFdb,哺乳動物和模式生物的基因和遺傳學交叉引用數據庫

http://www.proteome.com/YPDhome.html

YPD,釀酒酵母蛋白質組數據庫

http://www.proteome.com/YPDhome.html

WormPD,線蟲蛋白質組學數據庫

http://www.proteome.com/YPDhome.html

十一．基因表達數據庫

Flyview,果蠅基因表達數據庫

http://flyview.uni-muenster.de/

Flybrain,果蠅神經系統(tǒng)圖譜和數據庫

http://flybrain.uni-freiburg.de/

NEXTDB,線蟲基因表達模式數據庫

http://watsom.genes.nig.ac.jp:8080/db/

MAGEST數據庫，其名字來自Maboya Gene Expression patters and Sequence Tags 短語的縮寫

http://star.scl.kyoto-u.ac.jp/magest/

BodyMap,人類和家鼠基因表達數據庫

http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/

Axeldb,非洲爪蟾基因表達數據庫

http://www.dkfz-heidelberg.de/abt0135/axeldb.html

XMMR,非洲爪分子標記資源

http://vize222.zo.utexas.edu/

TRIPLES,酵母基因功能數據庫，設在耶魯大學醫(yī)學院的基因組分析中心

http://ygac.med.yale.edu/triples/

MGEIR,集成的家鼠基因表達信息資源

http://genex.hgu.mrc.ac.uk/

GXD,家鼠基因表達數據庫

http://www.informatics.jax.org/searches/gxdindex_form.html

EpoDB,脊椎動物紅細胞生成基因表達分析數據庫

http://cbil.humgen.upenn.edu/epodb/

KidneyDB,腎臟發(fā)育數據庫

http://www.ana.ed.ac.uk/anatomy/kidbase/kidhome.html

ToothExp,牙齒基因表達數據庫

http://honeybee.helsinki.fi/toothexp/toothexp.html

十二.基因突變、病理和免疫數據庫

HGMD人類基因突變數據庫，可用于預測基因疾病

http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

Marfan人類FBN1基因突變數據庫及分析軟件

http://uwcm.web.cf.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

Collagen人類膠原數據庫

http://www.le.ac.uk//genetics/collagen/

人類PAX2等位基因變異數據庫

http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata/PAX2/

人類PAX6等位基因突變數據庫

http://www.hgu.mrc.ac.uk/Softdata.PAX6/

Androgen雄激素受體突變數據庫，包含與男性性器官發(fā)育不良、前列腺癌等有關圖譜，密度、頻度以及基因型和表現型關聯數據

http://www.mcgill.ca/androgendb/

ALFRED為Allele FREquency Database 的縮寫這是由耶魯大學K.K.Kidd實驗室維護的一個針對人口多樣性和DNA多態(tài)性的等位基因數據庫

http://alfred.med.yale.edu/alfred/

CD40LBASE,CD40L基因突變數據庫

http://www.expasy.ch/cd40lbase/

KMDB由日本慶應義塾大學醫(yī)學院建立的一組與人類疾病有關的基因突變數據庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMeyeDB人類疾病和眼病基因突變人類心臟病基因突變數據庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/mutview3/kmeyedb/

KMearDB人類耳病基因突變數據庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMbrainDB人類腦病基因突變數據庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

KMcancerDB人類癌癥基因突變數據庫

http://mutview.dmb.med.keio.ac.jp/

OMIA是一大批動物的孟德爾遺傳、疾病、基因型和表現型的數據庫

http://wwwlangis.su.oz.au/BIRX/omia/omia_form.html

Atlas法國建立的針對腫瘤學和血液學的遺傳與細胞遺傳交互數據庫

http://www.infobiogen.fr/services/chromcancer/

HAMSTeRS凝血因子VIII結構和突變位點數據庫

http://europium.mrc.rpms.ac.uk/

HaemB,B型血友病凝血因子IX點突變和短插入或刪除序列的數據庫

http://www.umsd.ac.uk/molgen/haemBdbatabase.html

TTMD轉基因動物和靶突變數據庫

http://tbase.jax.org/

FIMM功能分子免疫學數據庫

http://sdmc.krdl.org.sg:8080/fimm/

MTB家鼠腫瘤生物學數據庫

http://tumor.informatics.jax.org/

BCGD人類乳腺癌基因數據庫

http://condor.bcm.tmc.edu/ermb/bcgd/bcgd.html

PAH是導致人類苯丙酮尿癥的苯丙氨酸羥化酶特異位點數據庫

http://www.mcgill.ca/pahdb/

CFTR,囊性纖維變跨膜調控子突變數據庫

http://genet.sickkids.on.ca/cftr/

NRR核受體資源計劃，包括糖類皮酯激素、礦質腎上腺皮質激素、甲狀腺激素、維生素D受體、類固醇受體等信息的數據庫

http://nrr.georgetown.edu/nrr/nrr.html

IMGT1989年建立的國際免疫遺傳學數據庫

http://imgt.cines.fr:8104/

HIG,Anthony Nolan 骨髓和白血病基金會的人類白細胞抗體HLA住處30年前由E.A.Kabat建立的具有免疫學意義的蛋白質序列數據庫

http://www.anthonynolan.com/HIG/

PEDB前列腺表達數據庫

http://www.mbt.washington.edu/PEDB/

HIV,艾滋病分子免疫學數據庫

http://hiv-web.lanl.gov/immunology/immuno-main.html

斯坦福大學的HIV RT數據庫，包含幾乎全部已發(fā)表的HIV ＲＴ和蛋白酶序列，是研究抗HIV藥物靶分子演化和與藥物有關變化的原始資料

http://hivdb.stanford.edu.hiv/

十三．代謝途徑和細胞調控數據庫

WIT是What Is There的縮寫是美國阿貢國家實驗室的一個集成的重構代謝途徑和模型的系統(tǒng)

http://www.cme.msu.edu/WIT/

EMP是酶與代謝途徑的縮寫

http://biobase.com/emphome.html/

MPW代謝途徑數據庫，是EMP庫的一個子集

http://www.cme.msu.edu/MPW/

PUGA原是單細胞生物代謝途徑親緣聯配數據庫

http://www.msc.anl.gov/home/compbio/PUMA/

EcoCyc數據庫和MetaCyc數據庫

http://ecocyc.panbio.com/ecocyc/

PathDB,代謝途徑數據庫

http://www.ncgr.org/Software/pathdb/

KEGG,京都基因與基因組百科全書，它包含核酸分子、蛋白質序列、基因表達、基因組圖譜、代謝途徑圖等

http://www.genome.ac.jp/kegg/

由Boehringer Mannheim公司提供的代謝途徑圖，懸掛在許多生化實驗室的墻壁上

http://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index/

SMILES是一個輔助性數據庫，它搜集與代謝途徑有關的化合物名稱

http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/

LIGAND,酶反應化學數據庫，由日本京都大學化學研究所維護

http://www.genome.ad.jp/htbin/show_man?ligand

CSNDB細胞中信號網絡的數據庫

http://geo.nihs.go.jp/csndb/

Biocatalysis/Biodegradation生物催化和生物降解數據庫

http://dragon.labmed.umn.edu/~lynda/index.html

十四．與農林牧有關數據庫

美國農業(yè)部國家農業(yè)圖書館基因組信息系統(tǒng)，它本身的服務器基于AceDB

http://probe.nalusda.gov:8000/

ARS農業(yè)研究服務處新設立在康奈爾大學的USDA-ARS生物信息學和比較基因組學中心，ARS是Agricultural Research Service的縮寫

http://ars-genome.cornell.edu/

AgDB農業(yè)數據庫和信息資源總清單

http://www.agnic.org/agdb/

設在英國愛丁堡的Roslin研究所的生物信息組，發(fā)展了名為“方舟”的系統(tǒng)來搜集和比較各種動物基因圖譜

http://www.ri.rrsrc.ac.uk/cgi-bi... swer.sh?species=pig

INRA法國國家農業(yè)研究所

http://locus.joun.inra.fr/

美國得克薩斯AM大學是牛類基因圖譜數據庫的原始網址和綿羊、馬數據庫的鏡象點：

http://bos.cvm.tamu.edu/

美國衣阿華州立大學有豬和雞基因圖譜數據庫的鏡象點：

http://www.genome.iastats.edu/

1.農作物

UK CropNet英國農作物植物生物信息網絡

http://synteny.nott.ac.uk/

INE水稻基因數據庫

http://www.staff.or.jp/giot/INE.html

我國水稻基因組計劃針對水稻的秈稻亞種

http://www.ncgr.ac.cn/

美國TIGR研究所維護著幾個與水稻基因組有關的數據庫，包括基因組注釋庫、重復序列庫，以及基因索引

http://www.tigr.org/tdb/rice/

RiceGenes是美國康奈爾大學的水稻基因組數據庫

http://ars-genome.cornell.edu/ricd/

GrainGenes是美國農業(yè)部和國家農業(yè)圖書館的植物基因組計劃支持的麥、燕麥和甘蔗遺傳數據庫

http://ars-genome.cornell.edu/rice/

關于世界范圍的水稻生產和市場等情況

http://www.riceweb.org/

WHEAT小麥基因圖譜數據庫

http://wheat.pw.usda.gov/

KOMUGI日本小麥網，是由不得６所大學和研究所聯合維護

http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html

MaizeDB玉米基因組數據庫

http://www.agron.misouri.edu/top.html

ZmDB玉米基因組數據庫

http://zmdb.iasstate.edu/

ILDIS國際豆科植物數據庫和信息服務

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

豆類基因圖譜：

http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/

MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金會聯合開展的豆科苜蓿屬植物Medicago truncatula的基因組研究，在2000年４月已經提交15000多條EST

http://www.ncgr.org/research/mgi/

cottonDB美國南方平原農業(yè)研究中心所維護的棉花數據庫

http://algodon.tamu.edu/

TreeGenes樹木遺傳圖譜數據庫

http://probe.nalusda.gov:8000/plant/abouttreegenes.html

2.家畜、家禽和魚類

ChickGBASE雞基因圖譜計劃，搜集全世界雞基因圖譜信息

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/chickmap/chickgbase/manager.html

Swimemap豬基因圖譜計劃，飲食店染色體圖譜和標記

http://sol.marc.usda.gov/genome/swine/swine.html

PiGBASE,豬基因圖譜信息庫

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/pigmap/arkpig/

SheepBase已發(fā)表的綿羊基因位點數據庫

http://dirk.invermay.cri.nz/

Goatmap,山羊基因圖譜數據庫

http://locus.jouy.inra.fr/

HorseMap馬基因圖譜數據庫

http://locus.jouy.inra.fr/

Bovmap法國的?；驁D譜數據庫

http://locus.jouy.inra.fr/cgi-bin/bovmap/intro.pl

BovBase英國的牛基因圖譜數據庫

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/bovmap/arkbov/

BovGBASE美國農業(yè)部的家畜基因組圖譜計劃中的?；驍祿?/p>

http://probe.nalusda.gov:8000/animal/aboutbovgbase.html

Buffmap水?；驁D譜數據庫。

http://locus.jouy.inra.fr/

DogMap狗基因圖譜數據庫。

http://ubeclu.unibe.ch/itz/dogmap.html

CatMap貓基因圖譜數據庫。

http://www.ri.bbsrc.ac.uk/catmap/ark/

RabbitMap兔基因圖譜數據庫。

http://locus.jouy.inra.fr/

RainMap彩虹鱒魚基因圖譜數據庫。

http://locus.jouy.inra.fr/

另一個鱒魚科基因數據庫在美國華盛頓州立大學：

http://www.wsu.edu:8000/~thorglab/DATA.html

十五．生物醫(yī)學文獻數據庫

MEDLINE是美國國家醫(yī)學圖書館的文獻摘要庫，反映美國及其他國家3800多種醫(yī)學和生物期刊的作者摘要和引用情況。

http://www.nlm.nih.gov/dtabases/medline.html

最為方便的查詢MEDLINE的方式，是通過NCBI的PubMed服務：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

SeqAnalRef這是由A.Bairoch個人維護的有關序列分析的文獻目錄。

http://www.espasy.ch/seqanalref/

SCI是設在美國費城的科學信息研究所所提供的文獻引用情況的檢索服務。

http://webofscience.com/

CancerWeb癌癥網頁：

http://www.graylab.ac.uk/cancerweb.html

HUMAT人體解剖學數據庫。

http://ed.ac.uk/anatomy/database/humat/

KeyNet按生物序列功能組織的基因和蛋白質名稱關鍵字庫。

http://www.ba.cnr.it/keynet.html/

BioABACUS生物學與生物技術以及計算機科學縮寫字表。

http://www.nmsu.edu/~molbio/bioABACUShome.html

十六．其他數據庫

Taxonomy分類學數據庫。

http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html

ETI世界生物多樣性數據庫設在荷蘭的分類鑒定專家中心。

http://www.eti.uva.nl/

位于美國麻省的Woods Hole海洋生物研究室有一個海洋動物數據庫。

http://www.mbl.edu/

TAED適應性演化數據庫。

http://www.sbc.su.se/~liberles/TAED.html